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Introduction Syntaxe d'une commande UNIX Commandes de contrôle Aides en ligne Connexion et transfert Commandes utilitaires Répertoires et fichiers Syntaxe Troncature Droits d'accès aux fichiers Commandes d'édition et de manipulation de fichiers Commandes de compression, encodage, archivage Editeurs de fichiers
Redirection - Pipe Processus Lancement d'un programme en différé Shell bash : Reference Manual, Table of Contents Introduction 
Syntaxe d'une commande UNIX lovelace$commande -options <arguments> commande : ce que l'on veut faire options (facultatives) : comment on le fait arguments (éventuels) : sur quoi on le fait (fichiers ..) EX: ls -la /usr/dupontLa commande doit être saisie impérativement en minuscules pour être reconnue.
Commandes de contrôle exit sortie (fin de session) CTRL-D sortie (équivalent du logout si on est au prompt) CTRL-U annulation de la ligne courante (Ex:mot de passe erroné) CTRL-C interruption d'un processus CTRL-Z suspension d'un processus (bg, envoi en tache de fond ) CTRL-S et CTRL-Q contrôle de flux (arrêt et reprise de l'édition)
Aides en ligne Connexion et transfert
! permet de revenir temporairement sur le site local (exit pour retourner dans la session ftp)
quit fin de session ftp
Commandes utilitaires Répertoires et fichiers Syntaxe des fichiers
EX : /env/infobiogen/u/cnrs/dupont/mm.seq
EX : u/cnrs/dupont/mm.seq (si on le désigne depuis /env/infobiogen) EX : mm.seq (si on le désigne depuis /env/infobiogen/u/cnrs/dupont)Le home directory est le répertoire d'accueil dans lequel on se trouve après avoir établi la connexion sur le compte.
Certains caratères ne sont pas autorisés dans le nom du fichier . Notamment, par exemple, le caractère espace, accepté dans les noms de fichiers sous Mac, joue le rôle de séparateur sous UNIX (il sépare commande, options et paramètres les uns des autres). Pour manipuler malgré tout un fichier qui contient ce type de caractère, le nom de ce fichier devra être encadré de guillemets (ex: rm "seq 23.dat"). En règle générale, il est préférable de se limiter aux caractères alphabétiques, numériques ainsi que "-" et "_".
Le fichier peut optionnellement contenir une extension . L'extension est une particule suffixe séparée de la racine du nom par un point. Elle vise généralement à renseigner sur la nature du fichier. Exemples :
Certains utilitaires sous UNIX (éditeurs de texte ...) conservent les deux dernières versions du fichier. Dans ce cas, si l'on modifie le contenu d'un fichier déja existant, le nom de l'avant dernière version est "marqué" d'un signe particulier, tel que "~" (EX: toto et toto~) ou " %".
Troncature ls *.gif édite tous les fichiers .gif (images) rm ar* détruit tous les fichiers commençant par ar
Droits d'accès aux fichiers drwxr-xr-x 2 martin ibg 11264 Oct 31 19:27 seq -rw-r--r-- 1 martin ibg 4763 Oct 31 15:19 lookup.list -rw-r--r-- 1 martin ibg 70786 Oct 31 01:07 ftp.log drwxr-xr-x 37 martin ibg 1024 Oct 30 20:29 src
EX : chmod u+r toto donne le droit de lire le fichier toto à l'utilisateur (vous-même)
chmod g+w toto autorise une personne du même groupe que vous à lire le fichier
chmod o+x toto autorise n'importe qui à executer le fichier
Droits d'accès et sa correspondance en octal :
chmod 600 * attribuera : rw------- à tous les fichiers chmod 644 * attribuera : rw-r--r-- à tous les fichiers chmod 750 * attribuera : rwxr-x--- à tous les fichiers
Edition et manipulation de fichiers Compression, encodage, archivage Editeurs de fichiers Editeur vi automatique caractère
------> ------>
Mode LIGNE Mode COMMANDE Mode INSERTION
<------ <------
: <ESC>
Mode INSERTION (invisible) i insère avant le curseur a insère après le curseur o ouvre une nouvelle ligne en dessous O ouvre une nouvelle ligne au dessus ESCape quitte le mode insertion et retourne au mode commande ESCape : quitte le mode insertion et passe au mode ligne Mode COMMANDE (invisible) effacement : x délétion de caractère r remplacement du caractère courant dw supprime le mot courant dd supprime la ligne courante ndd supprime n lignes d0 efface jusqu'au début de ligne dG efface jusqu'en fin de ligne J unit la ligne suivante à la ligne courante u annule la dernière fonction d'édition . répète la dernière fonction d'édition déplacement : les flèches permettent de se déplacer.<CTRL U> et <CTRL D> pour monter et descendre. ^,$ pour se déplacer en début, en fin de ligne. G position en fin de fichier (équivalent à :$) nG position sur la ligne n copie (copY) et insertion de texte (Paste) : Y sélectionne une ligne 5Y sélectionne 5 lignes p dépose la sélection après le curseur P dépose la sélection avant le curseur sh accès temporaire au shell (retour par exit) Mode LIGNE :100 positionne sur la ligne 100 /chaîne recherche une chaîne de caractères :3,8d annule les lignes 3 à 8 :w fichier écrit dans un autre fichier :wq ou x termine en sauvant :q! quitte (impérativement) sans sauver :set nu affiche les numéros de lignes :set all montre les options :set nonu supprime une option
Editeur emacs QUITTER Emacs C-x puis C-c
ou C-x puis pomme-c (sur Macintosh)
Répondre "yes" à la demande de sauvegarde.
SAUVEGARDER sans quitter Emacs C-x puis C-s
DEPLACEMENT DU CURSEUR :
en arrière en avant
caractère C-b C-f
mot E-b E-f
ligne C-p C-n
aller en debut (fin) de ligne C-a C-e
aller en debut (fin) de fichier E-< E->
écran précédent (suivant) E-v C-v
Les flèches horizontales du clavier correspondent a : C-b et C-f
Les flèches horizontales du clavier correspondent a : C-p et C-n
EFFACEMENT DE CARACTERES : touche Back Space
ou touche Del
ou C-d
RECHERCHER :
Chercher en avant C-s
Chercher en arrière C-r
Utiliser C-s ou C-r pour répéter la recherche ds chacune des directions
Arrêter la recherche en cours C-g
DEPLACER UNE PARTIE DE TEXTE :
Sélectionner le début de la zone par C-espace.
Placer le curseur à la fin de la zone a déplacer.
Effacer cette partie sélectionnée par C-w
Enfin, placer le curseur à l'endroit où l'on veut restituer le texte,
et rappeler celui-ci par C-y
Pour appeler l'aide en ligne C- h ? puis initiale de la commande.
Pour la faire disparaître, C- x 1
Si on est bloqué : C- g
Pour effacer une ligne après le curseur : C- k
Pour la rappeler à l'endroit ou se trouve le curseur : C- y
Pour insérer un fichier : C- x i nom-du-fichier.
Editeur pico^G Get Help ^O WriteOut ^R Read File ^Y Prev Pg ^K Cut Text ^C Cur Pos ^X Exit ^J Justify ^W Where is ^V Next Pg ^U UnCut Text^T To Spell
Redirection, pipe Redirection Lecture Ecriture Standard Input ====> Commande ====> Standard Output + Error [clavier] [Ecran]Si l'on souhaite rediriger les entrées et sorties, la commande prendra la syntaxe suivante :
avec les métacaractères de redirection suivants :
who > names
mon_programme << end (return)
paramètre1
paramètre2
...
end
Cette syntaxe permet de soumettre au programme les différents
paramètres (saisis normalement en mode interactif) que celui-ci lira jusqu'au
mot indiqué après << (dans le cas-ci, end).
Pipe
Processus Processus du noyau :
Le processus 1 est l'ultime Parent de tous les processus.
Les processus peuvent engendrer d'autres processus (processus enfants).
Chaque processus possède un numéro d'identification, le process id ou pid
. Ce pid est attribué séquentiellement, débutant de 0, et est incrémenté
à chaque création. Un utilisateur ne peut contrôler un processus s'il n'en
est pas propriétaire.
UID nom de l'utilisateur
PID numéro d'identification du processus
PPID numéro d'identification du processus père
STIME heure à laquelle le processus a été lancé
TIME temps CPU utilisé par le processus
CMD commande
<ctrl-c>
Lancement d'un programme en différé
batch <<! (return)
diff file1 file2 2>&1 >outfile | mailx mygroup
!
at -m 0730 tomorrow (return)
sort < infile > outfile
<CTRL-D>
bioinfo@infobiogen.fr